El Colegio Juan XXIII se compone de varias propiedades en Burjasot. Por un lado están las instalaciones de Educación Infantil y Primaria, en la avenida Pi y Margall, y a 500 metros, en la calle Isabel la Católica, se encuentran las instalaciones de ESO, Bachiller y Ciclos Formativos, en un recinto con varios edificios independientes. Allí está también la Secretaría del centro.